ภาควิชาจุลชีววิทยา ได้ก่อตั้งขึ้นพร้อมกับ วิทยาลับแพทยศาสตร์พระมงกุฎเกล้า เมื่อ 16 มิถุนายน พ.ศ. 2518 โดย มีสำนักงานอยู่ที่ชั้น 3 ของสถาบันพยาธิวิิทยา และได้เปิดสอนเป็นครั้งแรกสำหรับนักเรียนแพทย์ทหารรุ่นที่ 1 จำนวน 32 นาย ต่อมาในปี พ.ศ. 2528 ภาควิชาฯ ได้ย้ายที่ทำการมายังอาคารเรียนซึ่งเป็นอาคารสร้างใหม่ ในพื้นที่ของวิทยาลัยฯ โดยมีสำนักงานอยู่ที่ชั้น 4 ของอาารมาจนกระทั่งปัจจุบัน มีผู้ดำรงตำแหน่งหัวหน้าภาควิชาฯ ดังรายนามต่อไปนี้
ร่วมผลิตแพทย์ให้มีความรู้ทางด้านจุลชีววิทยาและเป็นที่ยอมรับในสังคม
จัดการเรียนการสอนรายวิชาที่ภาควิชารับผิดชอบ ผลิตผลงานวิจัยที่มีคุณภาพ บริการวิชาการสู่สังคม ทำนุบำรุงศิลปะ วัฒนธรรม ศาสนา และสิ่งแวดล้อม พัฒนาคุณภาพการศึกษาและบริหาจัดการศึกษาและบริหารจัดการ
ภาควิชารับผิดชอบการจัดการเรียนการสอน 3 รายวิชา สำหรับ นพท./นศพ.ชั้นปีที่ 3 โดยแบ่งออกเป็นรายวิชาบังคับ 2 รายวิชา และรายวิชาเลือก 2 รายวิชา
2. วพม.จช. 302 จุลชีววิทยาทางการแพทย์ 2 (4 หน่วยกิต)
1. วพม.จช. 303 เทคนิคเชิงปฏิบัติการจุลชีววิทยาคลินิก (2 หน่วยกิต)
งานวิจัยทางจุลชีววิทยาทางการแพทย์เกี่ยวกับการศึกษาเชื้อจุลชีพดื้อยาในด้านระบาดวิทยาและศึกษาเชิงลึกในระดับชีววิทยาโมเลกุลรวมทั้งศึกษาฤทธิ์ของสมุนไพรในการต้านจุลชีพ นอกจากนี้มีงานวิจัยทางด้านแพทยศาสตร์ศึกษาเกี่ยวกับการใช้สื่ออิเล็กทรอนิกส์สนับสนุนการเรียนการสอนในโรงเรียนแพทย์ทหาร และให้สนับสนุนงานวิจัยของนักศึกษาแพทย์ แพทย์ประจำบ้าน และนักศึกษาจากสถาบันอื่นๆ